Ngày 8 tháng 1 năm 1807, lễ phong chức mục sư cho Morrison cử hành tại nhà thờ Scotland đường Swallow. Ngày 31 tháng 1, ông lên tàu sang Mỹ. Do Công ty Đông Ấn không chấp nhận hành khách là nhà truyền giáo mà lúc ấy cũng không có tàu nào khác đến Trung Hoa, Morrison buộc phải đến New York trước, ở lại Mỹ gần một tháng. Nhờ sự can thiệp của lãnh sự quán Mỹ tại Quảng Châu Morrison được phép lưu trú tại Trung Hoa. Ngày 12 tháng 5, ông lên tàu Trident trực chỉ Macau.

Sau chuyến hải hành kéo dài 113 ngày, tàu cập bến Macau ngày 4 tháng 9 năm 1807. Với thư giới thiệu, Morrison đến gặp một số nhân vật quan trọng người Anh và Mỹ ở đây. Dù tiếp đón ân cần, họ khuyên ông không nên thực thi sứ mạng truyền giáo ở Macau. Ngày 7 tháng 9, Morrison bị trục xuất khỏi Macau, khi ấy Macau là thuộc địa của Bồ Đào Nha không có thiện cảm với các giáo sĩ Kháng Cách. Ông đến sống ở Thập Tam Hành (十三行) bên ngoài thành Quảng Châu (khu vực dành riêng cho thương nhân nước ngoài), nhờ lòng tốt của một người Mỹ dành cho Morrison một căn phòng trong nhà ông.

Đây là thời gian khó khăn cho Morrison, ông hầu như sống ẩn dật, không dám đi ra ngoài, cũng không thể tin tưởng những người Hoa giúp việc và dạy tiếng cho ông. Morrison cố học theo cách sống của người Hoa. Ông làm quen với thức ăn Trung Hoa, học cách sử dụng đũa, để móng tay dài, cột tóc đuôi sam, mặc trang phục và đi giày như người Hoa. Tuy nhiên, trái với sự mong đợi của ông, những điều này chỉ làm cư dân địa phương càng thêm nghi ngờ. Cuối cùng, Morrison phải từ bỏ nỗ lực hội nhập theo cung cách ấy.

Bùng nổ chiến sự giữa Pháp và Anh, tàu chiến Anh đánh chiếm Macau nhằm bảo vệ các hoạt động mậu dịch của Anh. Nhà Chức trách Trung Hoa ở Quảng Châu tức giận tìm cách trả đũa vào cư dân Anh sống ở đây. Người Anh phải lên tàu lánh nạn đến Macau, trong số đó có Morrison. Rồi chiến sự chấm dứt, tàu chiến Anh bỏ đi, nhưng sự nghi ngờ của người Hoa đối với người nước ngoài càng gia tăng.